Η οργανοθήκη του Μουσικού Λαογραφικού Αρχείου περιλαμβάνει περιορισμένο αριθμό μουσικών οργάνων, τα οποία, ωστόσο, είναι ιδιαίτερα σημαντικά τεκμήρια για την έρευνα της ελληνικής οργανολογίας.

Ξεχωρίζει η συλλογή από αχλαδόσχημες και φιαλόσχημες λύρες από την Κρήτη και την Καππαδοκία αντίστοιχα, καθώς και η μοναδική γνωστή περίπτωση ρεμπάπ από την Αιτωλία.